El INIEAF tuvo, sin embargo, una existencia breve. En 1929, durante la Dictadura de Primo de Rivera, fue sustituido por el Instituto Forestal de Investigaciones y Experiencias (IFIE), que heredó la actividad investigadora de los centros anteriores. Su sede inicial se estableció también en el Instituto Agrícola Alfonso XII, en la Ciudad Universitaria de Madrid. Posteriormente, durante la Segunda República, en 1931 se incorporó al IFIE el Laboratorio de Fauna Forestal Española de Piscicultura y Ornitología, situado en unas instalaciones próximas al camino del Medianil. En 1932 el IFIE pasó a depender orgánicamente de la Dirección General de Montes, Pesca y Caza del entonces Ministerio de Agricultura, Industria y Fomento. De forma paralela, y también durante la República, se reorganizó la investigación agraria y ganadera. En 1931 se creó la Dirección General de Ganadería junto con el Instituto de Biología Animal (IBA), y en 1932 el Instituto Nacional de Investigaciones Agronómicas (INIA), dependiente de la Dirección General de Agricultura. Posteriormente, en 1951, los organismos dedicados a investigación ganadera se integraron en el Patronato de Biología Animal, constituido como organismo autónomo.

Todos estos organismos se situaban en el entorno de la Ciudad Universitaria de Madrid. Durante la Guerra Civil sus instalaciones – incluyendo la sede del INIA, varios laboratorios y la biblioteca- resultaron prácticamente destruidas.

Tras la guerra, en 1941 se aprobó la construcción de un nuevo edificio para el IFIE en una parcela de 12 hectáreas situada en el monte de El Pardo, segregada del Club de Campo y accesible desde la carretera de La Coruña. El edificio, proyectado por el arquitecto José María García Nájera, fue inaugurado en 1954 como sede del IFIE y constituye hoy la sede central del actual INIA. Con el paso de los años se añadieron varios edificios auxiliares, algunos proyectados por el arquitecto Francisco Riestra, rodeados de viveros y plantaciones con especies forestales de origen español y extranjero.

Por su parte, la sede original del Instituto Nacional de Investigaciones Agronómicas (INIA) se construyó junto al Palacio de la Moncloa en un edificio proyectado por el arquitecto José de Azpiroz, inaugurado en 1948. En la actualidad este edificio forma parte del complejo de instalaciones vinculadas a la Presidencia del Gobierno.

Las tres instituciones de investigación —IFIE, INIA y Patronato de Biología Animal— han estado estrechamente vinculadas a la universidad a lo largo de su historia, especialmente a través de las Escuelas Técnicas Superiores de Ingenieros Agrónomos y de Montes de la Universidad Politécnica de Madrid y de la Facultad de Veterinaria de la Universidad Complutense de Madrid.

En 1971 estos tres organismos se fusionaron para crear el Instituto Nacional de Investigaciones Agrarias (INIA), dependiente del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación. Dentro de esta nueva organización – que incluía los Centros Regionales de Investigación y Desarrollo Agrario- se crearon dos departamentos de carácter forestal (Selvicultura e Industrias Forestales) que junto a otros de carácter más agronómico y/o ambiental dieron continuidad a la actividad investigadora del antiguo IFIE. Asimismo, en la Dirección Técnica de Coordinación y Programas se estableció la figura de un Consejero Forestal. Durante estos años, estos departamentos fueron evolucionando en su organización y denominación. A lo largo de la década de 1980 se produjo, además, la transferencia de los Centros Regionales a las Comunidades Autónomas.

En 1991 el organismo pasó a denominarse Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria, ampliando sus líneas de investigación al ámbito alimentario y extendiendo sus funciones a la financiación y evaluación de actividades de I+D. Como consecuencia, en 1993 se llevó a cabo una importante reestructuración orgánica (Real Decreto 142/1993).

En este proceso se crearon tres centros: el CISA (Centro de Investigación en Sanidad Animal), el CIFOR (Centro de Investigación Forestal) y el CRF (Centro de Recursos Fitogenéticos), designándose a sus respectivos directores. El CIFOR se estructuró inicialmente en dos áreas: Selvicultura e Industrias Forestales.

En el año 2000 el INIA se consolidó como Organismo Público de Investigación (OPI) con la aprobación de su nuevo Estatuto, pasando a depender del Ministerio de Ciencia e Innovación.

En 2005 se aprobaron los estatutos del CIFOR (Orden PRE/3780/2005). Aunque su creación formal se produjo en ese momento, el centro ya existía y funcionaba dentro de la organización del INIA desde 1993.

A pesar de los cambios en su denominación oficial, desde 1932 el organismo ha mantenido siempre las siglas INIA, ampliamente reconocidas en el ámbito de la investigación agraria española.

Finalmente, en 2021 el INIA se integró en la Agencia Estatal Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), pasando a constituir un Centro Nacional dentro de este organismo (CN-INIA). En ese momento el CIFOR pasó a denominarse Instituto de Ciencias Forestales (ICIFOR), nombre con el que continúa desarrollando su actividad científica en la actualidad.